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有崇祯的命令和锦衣卫的配合，加上大量的证据，经过三司会审孙元化案很快就有了结果，经过审议孙元化被宣布无罪释放，由于朝廷已经撤销了登莱巡抚的职位，从此不再设立，孙元化原先的官职已经没有了，只能等崇祯决定以后的去留。
十月初四，徐光启在儿子徐骥和刘凡的陪同下亲自来到刑部大牢迎接即将出狱的孙元化。刘凡也第一次见到了大明闻名已久的铸炮大家。此时的孙元化已经是五十一岁的高龄了，加上一年以来受尽屈辱和折磨，遭遇了人生最大的背叛和冤屈。当刘凡见到他时简直不敢相信自己的眼睛，刚刚出狱的孙元化衣衫褴褛，蓬头垢面，头业已花白，神色也十分憔悴，远远望去就像一个行将就木的老人。甚至满脸病容的徐光启看起来都比他好一些。
孙元化在两个狱卒的看护下走出刑部大门，长期不见天日的牢狱生活使其不由眯起眼睛，看到站在对面的刘凡一行，顿时热泪盈眶。快步上前“噗通”一声跪倒在徐光启面前“学生孙初阳拜见恩师！”话音刚落就失声痛哭。
徐光启也是满心激动，扶起孙元化仔细打量了一下，半响才道“初阳！受苦了！都怪为师无能没有办法救你！只能眼睁睁的看着你在牢里受苦！”说罢老泪纵横。
孙元化有些哽咽的说道“弟子不怪恩师！只怪弟子不孝，连累恩师跟着弟子担心！一把年纪还有为我四处求人奔走！弟子无颜面对恩师啊！今生能再见恩师一面就已经知足了！”
徐光启安慰道“初阳莫做小女儿态！这次你能平安归来全靠济民帮助！你要好好感谢他啊！”
孙元化这才收起眼泪，对着一旁的刘凡长长一稽“感谢济民相助！此恩孙初阳没齿难忘！但有吩咐，在下赴汤蹈火在所不辞！”
刘凡赶紧扶起孙元化道“初阳先生言重了！您可能还不知道，老师已经收我为弟子了！现在咱们是师兄弟，一家人，相互帮助是理所应当的事情！千万不要说谢！”
孙元化闻言有些惊讶的看了自己的师父一眼，见到其点头才确定这事是真的，不由的对着刘凡道“没想道恩师晚年还收了一个关门弟子！难得济民受恩师青睐！想必必有大才！改日定当请教一番！”
刘凡连道“我也没有什么才能！只是对西方的事务感兴趣罢了！蒙老师不弃，收为弟子已经是万幸了！哪里比得上师兄！实不相瞒！我对师兄仰慕已久！此次也是出于尊敬才出手帮忙的！”
孙元化听到刘凡的话有些惊讶！正要开口，却听到徐光启打断道“好了！你们两个不要相互恭维了！现在初阳平安归来！以后有的是时间让你们相互了解！再说为师已经要求诸位好友至家中，一来为初阳接风洗尘！二来请他们做个见证正式收济民为徒！此时客人们怕已经等的不耐烦了！咱们师徒可不能失礼于人！应该先回府再说！”
两人连忙称是，四人一起坐着马车前往徐府，回到府中此时已经是宾朋满座了，徐光启久历宦海朋友自然是极多的，不但有朝中好友，甚至还有不少西方的传教士。看到厅中如此热闹的景象刘凡不由感叹，自己这步棋算是走对了！有了徐光启师徒两人帮助，最起码自己以后不会愁怎么去找这些西方的科学家了。
厅中众人看到四人平安归来，立刻上前恭贺，四人也一一回礼。待到孙元化梳洗归来后，徐光启坐在主位高声道“感谢诸位朋友前来捧场！这次徐某邀请诸位前来，主要是为了做个见证，今日老夫将收济民为老夫的关门弟子！”
古代收徒是有严格的讲究的，古语云“一日为师，终身为父！”在古代老师的地位仅此于父母，甚至还在君王之上的。等到徐光启宣布完毕后，由孙元化这为弟子引着，刘凡身穿青衣亦步亦趋的跟在孙元化身后走入正堂。
徐光启端坐于主位，刘凡走到近前，三次叩，双手擎着贽礼和拜师帖恭敬道“直隶刘凡仰慕先生仁德，愿委贽行礼，请为弟子”待到徐光启同意收下贽礼和拜师帖刘凡这才能敬茶，喝完这杯敬师茶刘凡才正式成为徐光启的弟子。
整个拜师期间气氛庄重严肃！等到礼毕众人才上前祝贺。身为刘凡亲属的李小虎等人自然不能缺席，就连小竹小荷两女也对刘凡俏声道“恭喜老爷！拜得恩师！”
就在诸多宾客上前恭贺时，门外突然有家丁喊道“王公公到！”厅中顿时为之一静，众人齐齐往门外看去。就见王承恩带着两个小太监跨门而入。对着刘凡和徐光启道“杂家赶紧赶慢还是来晚一步！奉皇上口谕，祝贺济民拜师！御赐玉如意一对！”
然后对着刘凡等人说道“徐阁老！济民！恭喜恭喜啊！”
刘凡赶紧回道“谢陛下厚爱！谢谢王公公！王公还请上座！”
王承恩笑着拒绝道“不了！陛下旨意已经带到，杂家还要急着回去复命呢！就不留了！”然后小声对着刘凡说道“陛下还说你小子做事不厚道！这么大的事情居然不通知陛下！陛下很生气！命你明日前去觐见！济民！陛下很生气！你自求多福吧！”说完后不理刘凡惊愕的表情朝着徐光启告辞一声转身离去了。
等到王承恩走后，厅中气氛顿时热烈起来，众人看向刘凡的目光也都带着深深的羡慕和敬畏。原本只是例行客套的话语，也变的亲切热烈起来。刘凡心中有些苦笑，这是把他架在火上烤啊！对崇祯的这一手有些无奈和感动。
这场拜师礼在欢闹的气氛下落下帷幕。刘凡心中惦记那些西方传教士的事情，第二天一早，就找到孙元化，请他陪同一起前往拜访这些人。孙元化感激刘凡的恩情没有推辞，带着刘凡前往这些人的住处。