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时间如白驹过隙，不知不觉间两年就这样过去了。这两年很和平，木叶平平稳稳，期间也发生了不少事情。
小卡卡西5岁上学，然后5岁就火箭一般连跳几级毕业了，成为了一名下忍。
这个消息彻底刺激到了卡卡西的同班同学——还在上学的小带土和小阿凯，两人开始更加拼命的训练，他们早就把卡卡西当成了竞争对手。
卡卡西毕业之后，野原琳则有些失落，以后上学就见不到他了。
可惜他们不知道的是，一年后6岁的卡卡西就申请中忍考核，而且通过了考核，正式成为了一名中忍，这也是继日向日月之后最年轻的中忍。这件事在木叶中、上忍之中还是引起了不小的轰动，木叶村又一个天才少年诞生了！
卡卡西的父亲旗木佐云却很担忧，他怕儿子从此骄傲自满，于是跑去向火影大人请求：等卡卡西分了班，接受上忍的指导之后，让他再参加一次中忍考试。三代询问了小卡卡西的意见后，同意了白牙的请求。
就这样，6岁的卡卡西被三代火影暂时安排给了波风水门，水门成为了卡卡西的上忍指导老师。三代让卡卡西跟着水门做做任务，水门作为一名上忍，带着卡卡西四处跑，卡卡西在任务中进步很快。
结了婚的纲手很幸福，而立之年的她成熟了一些，更加美艳动人。
这两年她在木叶医院里为木叶培养了一批医疗忍者，木叶的医疗忍者比原来可多了不少。
纲手已经学会了【阴封印】，并将阴封印传授给了爱人加藤断。加藤断的【灵化之术】需要消耗大量查克拉，能储蓄查克拉的阴封印正好解决了加藤断的短板。
经过两年时间的每天定量积累查克拉，纲手的额头上已经出现了那个菱形的标志——【百豪之印】。
纲手的弟弟千手绳树在大蛇丸的特训下，进步也很快。绳树的土遁和水遁运用越来越熟练了。
自来也学会了【螺旋丸】，并和水门、日月一起，总结出了螺旋丸的系统修炼方法。即：三个阶段的水球练习、皮球练习、气球练习。这大大降低了螺旋丸的修炼难度，让更多忍者可以学习螺旋丸。
三人也各自尝试着如何改进螺旋丸，增强螺旋丸的威力。水门想加入性质变化风遁，自来也想大大增加查克拉的量，使螺旋丸的体积膨胀，日月则想把螺旋丸的原理应用到日向家的绝招上。
接着自来也去了一次妙木山，知晓了蛤蟆大仙人预言有变动的事情。预言之子的范围从他的徒弟，扩大到了三忍的弟子，而且是传说中的‘卯之女神’的后代，这个变化让他感到很惊讶。
一年后，他再次外出云游，他要寻找这个世界的真谛和让这个世界和平的方法。顺便到处‘取材’写写小黄书，毕竟日月给他的书投资了不少钱，出书也被他排上了日程。
大蛇丸依然很喜欢研究各种东西。他开始整天泡在研究所里，时不时还要来日月和纲手的医学研究室来看看。日月这里的好东西多，比如有关断肢再生、器官移植、保持肉体活性的研究成果，一直让大蛇丸垂涎三尺。他没事就找纲手要东西，日月也同意送给大蛇丸一些研究成果，心里希望大蛇丸研究归研究，不要为了追求长生不老，痴狂到舍弃一切。
不过根据日月留在日向家的间谍‘旺财’提供的消息，志村团藏已经开始偷偷接触大蛇丸了。‘旺财’还说，战争结束后，各个忍村的间谍活动更加频繁。整个世界看似平静，实际上依然暗流涌动。
猪鹿蝶三人做任务的成功率非常高，睿智的奈良鹿久已经成为了上忍大队的队长候选人。
油女志微的存在感还是很低，不过他收集了海量的昆虫，整天研究虫子，完全是个昆虫博士啊。
犬冢爪成为了上忍，爱犬黑丸在一次任务中成了独眼龙，不过黑丸体型变得巨大，更加彪悍了。
日向日差和日向日足两兄弟修炼很刻苦，因为老家主已经决定在这几年选定新的家主了。为了将来能担负起整个日向家的重任，他们兄弟俩也是够拼的。
日向美月和宇智波真一没事就偷偷的约会，一直在搞‘地下工作’。不过日月能看出来关系已经确立了。日月猜测是真一先表白的，腼腆害羞的美月姐对着真一说‘我喜欢你，请和我交往吧！’的画面，日月想想觉得不太现实。
同样的还有宇智波美琴，她遇到了她的真命天子、家族中的年轻才俊——宇智波富岳，富岳沉稳而干练，两人正式开始交往了。
漩涡玖辛奈因为人柱力的原因至今没有成为上忍，不过有水门在她身旁，她已经很开心了。玖辛奈将自己的梦想托付给了水门的同时，她自己也在努力着，各种封印术她运用的更加熟练。
玖辛奈还把自己的封印术传给了日月和水门，水门学封印术很有天赋，很快学会了漩涡一族的【四象封印】，日月则慢着一点，还没学会，谁叫他要学很多东西呢！
日月让玖辛奈一直尝试着和九尾沟通，可惜上次九尾实在太憋屈了，对玖辛奈他们是十分仇视的态度，怎么沟通也不管用。玖辛奈想要控制九尾的力量遇到了困难。
波风水门也去了一趟妙木山，在蛤蟆二大仙人的教导下，他开始修炼【仙人模式】，目前已经有了一些进展。不过，比起不动的仙人模式，波风水门更喜欢随时都在移动的【飞雷神之术】。
他已经熟练掌握了【飞雷神之术】，现在水门正在尝试简化术式，把术式简化后，就可以用查克拉在任何地方快速刻下术式。而且简化的术式变成了文字，可以弄在特制的苦无上。有了这些特制的苦无，【飞雷神二段】即将诞生。
此外，水门想把风属性查克拉加入螺旋丸之中，再次提高螺旋丸的杀伤力。他用半年的时间完成了【风遁·螺旋丸】。
水门的【风遁·螺旋丸】和鸣人的不同，他不需要两个影分身加一个本体围在一起来搓丸子，其中一个影分身负责形态变化，另一个影分身负责性质变化，本体负责维持稳定。而水门光用一只手就可以完成这三个人的工作，他控制的查克拉变化能力早已达了另一个境界。
至于S级的【风遁·螺旋手里剑】一个是水门的查克拉并没那么充裕，一个是就算发明出来，也暂时不能远距离使用，近距离这招会伤到自己。所以水门暂时没有继续发展下去。
另外这两年间，水门做了不少S级的任务，“木叶的黄色闪光”之威名已经开始在忍村之间流传了！