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中央设政事阁（类似现代******系统），
设政事参相一人，
政事副相一人，
农政参事一人（副总理级别，主管农业），
商政参事一人（副总理级别，主管商业），
财政参事一人（副总理级别，主管财政），
税政参事一人（副总理级别，主管税务），
行政参事一人（副总理级别，主管行政），
吏、户、礼、工、刑五部尚书。
政事阁下属十部三寺两院及三总道。
十部：十部是过去的六部去除兵部后的吏、户、礼、工、刑，加上新设立的农、商、财、税、行五部，合称十部。新设立的五部由各参事直接管理，不设尚书，而以前的五部则继续由五部尚书管理。各部的副官统一称为XX侍郎。
改革后的旧五部职能和之前有了较大的差别：
吏部：吏部的变动不大，掌管天下文官的任免、考课、升降、勋封、调动等事务，相当于现代中央组织部与人力资源和社会保障部的部分权利。
户部：户部是变动最大的一部，过去户部掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜，现在剥离了田地、赋税、俸饷及一切财政事宜，只掌管全国疆土、田地、户籍，相当于现代国土资源部与民政部的合体。
礼部：礼部的职责几乎未变，管理全国学校事务、科举考试及藩属和外国之往来事，相当于现代教育部、外交部和文化部的组合。
工部：工部以前的职责为职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。凡全国之土木、水利工程，机器制造工程（以前包括军器、军火、军用器物等，现在被剥离了），矿冶、纺织等官办工业无不综理，并主管一部分金融货币和统一度量衡。现在的工部加入了交通运输方面的职责，蒸汽机车即将诞生，这也是工部的主要职责，同时因为纸质货币的出现，工部将铸币的权利移交到了新设立的财部。现在的工部就相当于现代的科学技术部、工业和信息化部、发改委、住房和城乡建设部、交通运输部、铁路局、水利部等部门的集合，之所以涵盖现代如此多的部门职能，原因在于当时的生产力水平使得很多事务无需单独设立部级管理机构。
刑部：过去主要职责是审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同九卿审理“监候”的死刑案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。现在则剥离了法律的审定权，只保留执法权，但是权力又有所提高，因为各地剥离了行政官员的侦破审理案件的权利，而特别设立巡城兵马司（这个巡城兵马司并不完全等同于历史上明清时期的同名官署，而是相当于现代公安局的衙门）均隶属于刑部。同时刑部还负责刑事案件的起诉，即作为公诉方。所以刑部就相当于现代的公安部、国安部、司法部、最高检察院等部门的集合。
新设立的五个部门：
农部：负责天下田地、牧场、林地、农耕、渔牧、林猎等职责，相当于现代农业部、林业局等部门的大部分职责。之所以将农林牧副渔从户部管辖独立出来，是因为中国自古就是一个农业大国，独立出来就可以将事情做细、做深。
商部：负责天下商业事务，独立于户部之外就是因为自宋朝起，商业税已经占到国家税务里很大的比重了，而随着封建明穿越后带来的科技飞跃，也造成了新兴资产阶级的产生，按现代话将就是GDP中原来占统治地位的农业一家独大的情况被工商业分化成各占半壁江山的现状。还有就是封建明其实有意的在培养资产阶级这一势力，因此将商业划分出来也就是应有之意了。
财部：就是相当于现代财政部的职责。
税部：现代税务总局、海关总署等部门的集合，将税收独立出来，就是为了改变中国历代以来的税务乱局，改变拍脑袋立税目的荒唐事情。
行部：读xing，同刑音，主管行政。这个行政并不同于广义的行政，而是特指。职责为监督、指导中央的行政命令在各地方的执行，同时负责对行政命令执行后的效果进行评估反馈。除此之外还负责中央的档案管理、文书处置等工作。中国古代很多朝代都设有布政使一职，按字面意思就是排布政事的使者，但是主要的职责却不是字面的意思，而是负责一省的财政、民政。中国历代都是精英政治，文官体系都是被“读书人”这一阶层独揽。而历史上的读书入仕需要的是“两耳不闻窗外事，一心只读圣贤书”的刻苦，但是却往往脱离了实际。这样的人当了官，自以为圣贤书中的道理就可以齐家、治国、平天下了，因此很多政令法规往往都是源自拍脑袋而来。而且中国古代文书往往晦涩难懂，加上古文中又多有歧义，如此一来，一条政令下放到各省、道、府、县后就会根据各级官吏自己的理解加以变动，因此上就出现了一省有一省的方法，一府有一府的情势了。而这个方法和情势却不是因为结合当地实际情况进行的变更，而根本就是各级官吏自己再拍脑袋的产物。再加上古代并没有一个专门负责政令贯彻情况的部门，而是将政令执行的督查与各级官吏的监察结合在一起来完成的。所以不管中央的政令法例正确与否，到了下面就一定会变得似是而非。可是你又不能说地方官吏错了，因为他的理解就是这个样子的。除非从上到皇帝宰相尚书，下到具体负责的官吏差役，都只针对某一事情自始至终的关注，稍有偏差立即指出矫正，才会较为完整的体现中央的思想。但是人的精力毕竟有限，所以皇帝或最上层的大人们不可能将一个国家每天发生的每一条政令都如此尽责的督办。那么一个人或几个人不成，就单独设立一个部级单位来管理政令的执行，这就是当初封文胜对官僚体系的改革之一。
十部之外还有三寺（主官叫卿，比如大理寺的主官叫大理寺卿。副官叫少卿，比如大理寺的副官叫大理寺少卿。）：
大理寺：最高审判机构，相当与现代最高法院。完全独立于之前的所谓大理寺、刑部、都察院的三司体系，完全独立，并将刑部的审理权收入，负责全国案件的审理职责。大理寺下设各级程法堂，比如一省的就叫XX省程法堂，一府的就叫XX府程法堂，行使各级审判权。
御史寺：又称御史台。和历史上的御史台不同，不在行使“风闻奏事”的权利，而是行使监督权和问责权，对政务及军队体系的各项决策进行监督及问责，但这个问责是事后问责，就是不管是政务还是军队体系的政策决议在执行过程中，御史台是没有权利干预的，监督也仅仅是记录政策决议在实施过程中的各环节出现的问题及反馈的意见，在事后问责时作为证据使用。而一旦政策决议出现问题，那么在事后问责过程中，御史院就会将监督执行过程中的证据拿出来，对责任人进行追责，该是决策者的问题找决策者，是执行者的问题找执行者。御史寺下设各级巡察御史，比如一省就设立XX省巡察御史，一府就是XX府巡察御史等等，行使细化到各级单位的监督与问责权。
宗正寺：又称按察使司。宗正寺同样不同于历史上同名的官署，职责绝对和管理皇家事务没有任何关系，而是行使公诉权，相当于现代检察院，同时还对执法及司法体系中出现的问题进行监督及纠正。本来原名是按察使司，但因为建立时选择官衙位置恰好在元朝的大宗正府原址上，加上都是隶属法律体系，因此便称为宗正寺，原名反而没人叫了，到了最后连官方文书上也称为宗正寺了。宗正寺下设各级刑讼堂，比如一省的就叫XX省刑讼堂，一府的就叫XX府刑讼堂，行使各级公诉权。
然后是两院（主官称为院长、副官叫副院长，所属皆为院士）：
国柱院：很像资本主义国家议会制的上议院，与英国的贵族院最为接近。但此时仅仅只是意义大于权力，毕竟没有经过改变，现阶段也仅仅只是封建王朝向君主立宪过度的初级时期，皇权虽然被限制了，但还是很大的。成员全部为亲王、郡王衔的皇族和伯爵以上的勋贵。本来原始设置的初衷是为了制衡下议院型的国基院的，结果由于各方势力的角逐，变成了摆设。后来经过封文胜的改革，将国柱院变为了制衡皇权的机构。没有下设机构，只有一个国柱总院。
国基院：当初封建明设立两院的初衷是为了效仿资本主义制度，但是因为各方势力拉锯扯皮，最终变成了一个不伦不类的地方。国基院最初设立时的职责是就是立法，但各方实力角逐的结果就是这个权力变成了建议权。国基院院士为各地按人口统计比例选出的代表（可不是现代投票选举啊，而是地方官员推荐，国基院工作人员及其他地区的院士进行走访调查，最后确定是否通过，先是成为各省的国基院院士，然后再由这些各省的国基院院士推举分别出来成为国基总院的院士），主要为各地有名望的士绅、退休官吏等。
两院的现在的运行模式分为两种：
第一种是由国基院院士提出建议，如果大多数院士通过，则呈报给皇帝，由皇帝决定是否采纳，如果决定采纳，就送交国柱院，由国柱院投票决定是否真正执行，如果投票没有通过，则被驳回，送回给皇帝。国柱院有三次否决权，如果第三次否决后，皇帝还要执行，则必须有超过三分之一的国柱院院士投赞成票，否则将永远封存，不予执行（也有特例，书中会详细介绍说明）。
第二种是由皇帝提出，交国基院投票，只要有三分之一投票通过，即可以转递国柱院进行表决，表决的方法同第一种。
最后是三总道（主官叫巡道，副官叫佐道）：
江河总道：相当于现代水利部和海事局，拥有水利部的大部分权利，但没有防汛抗旱指挥的职责。因为江河流域很广，而且往往是两省交界地标，所以将江河的管理直接提出来设立副部级的衙门。同时，随着大明朝的海上活动增加，江河总道还接管了海事职责。江河总道在各省设立的直辖部门叫做xx河道，比如河南就是河南河道，江苏就是江苏河道等等，靠海的省份的河道衙门还负责当地的海事，主官叫巡察。
盐铁总道：负责管理国家专营的盐、茶、烟、酒、矿石等国有资源的生产运营。相当于现代国家盐业集团、烟草集团等等国企的合体。但是只负责生产和总售，不负责分销环节。本来最初设置时还打算将粮食与食用油划入，但是后来考虑到不管是粮食还是食用油的原料都可以作为种子使用，因此便将这两大类留在了新成立的农部里，没有划出来。各省设立盐铁分道，简称盐道，所以小说中出现的盐道并不是原来历史中的盐道。
路桥总道：新设立的衙门，管理国家修建的国道和桥梁，现在只负责管理养护，不负责建设，将来会将工部的道路桥梁建设的权利划归路桥总道管理。还负责某些路段和桥梁收取过路费的职责。因为蒸汽机车的研发是工部的主要职责，因此将来铁路的建设与运营可定也会由工部划归到路桥总道衙门的。各省设立的直属衙门简称路道。
地方上设省、畿（读ji，基音）、府（州）、县（路）等行政单位：
省：等同与现代的省，各省分化不做细表。省的最高长官叫做一省巡察慰抚使，简称巡抚，尊称抚台，政府文书除特殊情况外则统一称巡抚。和历史上清朝的巡抚不同，这个巡抚不负责军队事务。例如河南一省巡察慰抚使就是河南巡抚、安徽一省巡察慰抚使就是安徽巡抚等。
畿：只有北京、金陵、成都、泉州四城，北京称为京畿、金陵称为南畿、成都称为内畿、泉州称为海畿。级别同省，主官也叫巡察抚慰使，简称巡抚。畿由于地域等原因，下面不设府，而是直接管辖州和路。
府：相当于现代的地级市，但又有区别，由于生产力发展的原因，人口聚居密度没有现代这么大，虽然本文中出现了资本主义初级时期的工厂，但是由于时间及文化差异，同样不可能出现大规模人口自然迁徙（由农村进入城市），所以府所在的主县并不能称为市，甚至连现在一个区都没法比。府属省直接管理，府的主官全称权知府事，简称知府。
州：和府的级别相当，但是一般是独立存在，不辖管县，比如北京附近的通州，就是一个州，但下属并没有县一级单位存在。州也隶属于省或畿管理，主官全称权知州事，简称知州。
路：历史上出现过路这一级的行政单位，但是这里却和历史上的路不同，是提出来特指的，路的级别高于县但小于府，一般都为京师、金陵等人口密集，辖区广阔的大城所设立的特殊行政单位，一般包含两到四个县，比如京东路就包含三河、大场（就是今天大厂回族自治县）、香河、东安（现代的廊坊市安次区）四县。主官全名叫做某某一路事务佐理有司，简称佐司。
县：最低级的行政单位，隶属府或路管理，主官全称权知县事，简称知县。
各级地方衙门都下设除三寺两院三总道直辖部门外的政事阁内十部的所有衙门，名称分别是省下的厅（如农厅、刑厅等，主官叫监厅官，副官叫佐厅官）、府州下的科（如农科、刑科等，主官叫理科官，副官叫佐科官）、县下设组（如农组、刑组，主官叫差办），畿和路下不单设各衙门。