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魏忠贤的出现打乱了明朝的文官治国体系，在他疯狂的屠杀迫害之后，行政权力转移到宦官，大臣的权力被剥夺。
明朝的宦官专权实际上是皇帝想夺回权力的工具。宦官们惟利是图，被阉了后只有依靠皇权才能生存，除了皇宫连谋生的本领都没有。而且，对于那些宦官，如果皇帝嫌他权利太大，与之形成矛盾，皇帝不高兴了一纸诏书就可以扳倒，因为这时皇帝就与内阁和大臣一边了。这绝非唐朝时，宦官权利大到可以杀皇帝可比。比如英宗于曹吉祥，宪宗于汪直，武宗于刘瑾，思宗于魏忠贤，无不如是。
朱元璋废宰相一职，仿宋殿阁制设内阁。明朝在中央设置六部、五寺、特务机构内行厂、三公、诸司、外三监、内十二监。
六部
明朝在中央设置吏、户、礼、工、刑、兵六部，与前代相比，明朝最初在每部增加尚书侍郎各一。胡惟庸案之后，朱元璋废丞相之职，取消中书省。六部因此地位得到了提高。每部只设一个尚书，两个侍郎，原有的各科尚书降为郎中。各部尚书和侍郎的官阶也上升。其中以吏部（主管文官升迁）最为重要，户部人员最多。礼部（主管祭祀大典）与工部（主管公共建设）地位较低。
监察机构
在洪武十三年前，明朝还沿袭元的监察制度，设立御史台，有左右御史大夫各一名。洪武十三年后，朱元璋废御史台。两年之后，朱元璋设立新的监察机构—都察院。都察院下面设立监察御史若干人，分巡全国各省，称为十二道监察御史。每道有监察御史三至五人，范围大体为一省。但监察御史都驻在京师，有事带印出巡，事毕回京缴印。到明末，监察御史分为十三道，共有一百一十人。
六科
明朝开始只设了给事中。到洪武二十四年，设都给事中六人，分吏、户、礼、工、刑、兵六科，每科一人。该制度基本是继承了唐朝的门下省制度。六科官职品级虽低，然职权很高。他们可以不赞成皇帝的意旨。而该制度也发挥了一定的改善朝政作用。
五寺
五寺包括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。大理寺与刑部和都察院合为三法司，其职权与今日之最高法院相似。大理寺的首长称为大理寺卿，也是九卿之一。其余四个寺的卿职权较低。太常寺负责祭祀；太仆寺管理马匹；光禄寺负责寿宴；鸿胪寺负责接待外宾。
内阁
在废除丞相制度后，朱元璋亲理政务，一度深感疲惫，于是设立四辅制度来辅佐政事。但这项制度效能不彰。洪武十七年后被废。之后朱元璋请来几位翰林学士帮忙辅佐，这些翰林学士的官职被命为“XX大学士”。这也就是所谓的内阁机构。
特务机构
参见：锦衣卫、东厂和西厂，前几章。
三公
包括太师、太傅、太保。这些官职都是虚弦。他们名为辅导太子，但实际上辅导太子的机构是詹事府。詹事府下设两坊、一局、一厅。此外还有太医院。太医院附属有生药库和惠民药局。而翰林院远较太医院重要。翰林院首长则是翰林学士。
诸司
指不属于各部院的司。主要指通政司和行人司。通政司负责传递公文，公告周知。行人司负责到地方上颁诏谕及赴外国作使臣。
外三监
包括国子监、钦天监、上林苑监。钦天监负责观测星象。国子监是教育机构，有祭酒一人，司业一人，监丞一人，博士五人，助教十五人，学正十人，学录七人，典簿一人，典籍一人，典馔两人。上林苑监负责掌管皇帝的御花园，畜牧场与菜圃。
内十二监
为宦官衙门。事实上只有在这些衙门工作的宦官才是太监。包括司礼监、内宫监、御用监、司设监、御马监、神宫监、尚膳监、尚宝监、印绶监、直殿监、尚衣监、都知监。以司礼监最为重要，监内的提督太监主管宫内一切宦官礼仪刑名。而秉笔太监在宦官极端专权时竟代替皇帝批公文。此外还设有四个司（惜薪、钟鼓、宝钞、混堂），八个局（兵仗、银作、浣衣、巾帽、针工、内织染、酒醋面，司苑），合为内官廿四衙门。宫女也有六个局（尚宫、尚仪、尚食、尚寝、尚功等），每个局下设四个司。
明初，朱元璋设计的典章制度包括了政治，经济，军事等诸方面。他继汉晋以后第三次实行分封制度，建立诸藩。?
朱元璋分封诸王，则完全出于己愿。朱元璋之所以分封诸王，显然怀有一种理想，那就是“法古建邦”，“分茅胙土，以藩屏国家”，“藩辅帝室”这一理念的关怀所系。这一点从他的分封诏书中可以清楚知道。
从此意义而言，朱元璋的分封诸王是中国历史上汉代以降一次带有分封本意的复古行动。明初分封的诸王，虽不领土地，人口，但是领有军队。一般诸王都领有二三卫，大者拥军二三万，如秦王，晋王，燕王等；小者亦近万。如此多之兵，不待征发已是数万之众。故而就出现了清人杨椿所说的局势，“高皇帝崩，遂人人有帝制自为之意。”
而朱元璋选择的皇位继承人太子朱标乃一柔仁之人，即使不早亡，这些强藩兄弟势力坐大亦是指日之事，后患无穷。不料朱标早死，皇位竟然落入皇太孙朱允炆之手。这种情绪从建文继承皇位到削藩时已经显露出来。那些势力强大而志大才疏的皇叔们不是输给了建文帝，而是输给了朱棣。颇有乃父风范的燕王朱棣，瞅准了建文帝削藩，变更官制这些违背祖训的举措，公然打起“清君侧”的大旗，起而发动靖难叛乱。历时四年的血战，燕王终于成为明朝的最高统治者。
朱棣以违背祖训为借口而发动叛乱，也违背祖训起来。在宗藩政策上，他成为建文帝未完成事业的实际执行人。削藩，瓦解有势力的同宗兄弟的力量是朱棣上台后的一大任务。与建文帝不同的，是朱棣政治上的手段老练和策略性。在一定意义上，朱棣吸收了建文帝削藩的经验，与建文帝彻底的冒进的做法不同。在宗藩问题上，朱棣最后采取了豢养藩王的政策。?
在一种特殊背景下最终形成的明代宗藩政策，给这个明朝带来无穷祸害。豢养藩王政策，使诸家藩王无所事事。既不能朝见皇帝，参与朝政，亦不能参与地方事务。他们生活在划定的地方范围内，能做什么？既不能参与经济，军事建设，只有个别藩王从事一点个人喜好的文化活动，如宁王朱权写出了《救荒本草》，朱载堉无聊之极玩抚琴弦之际悟出了“十二平均律”的音乐理论。因此，明代宗室藩王们除了不断地从事人口生产外，别无他途。宗室人口，从洪武年间的二十几家，至正德嘉靖间发展到了二万余人，据中国社会科学院历史所研究员王春瑜估计至明末大约有十万左右。
这众多的人口，形成一个特殊的阶层，唯一的功绩就是消耗掉明代老百姓们辛苦倍至生产出来的社会财富，坐食民脂民膏终老。仅俸禄一项，就占了明朝开支中的绝大部分。明代宗藩每年消耗的开支成为明代财政支出中一个大头，成为明代财政的一大包袱。这足以令明朝最高统治者的皇帝寝食难安。这从明代众多的户部尚书以及朝臣关于宗藩开支的奏折中可以得知。明代宗藩可以说成为一个十足的寄生阶层，尾大不掉，是国家社会中的废物。
这一切，是这个帝国的设计者朱元璋当初分封诸王时无论如何也不曾预见到的。在特殊环境下形成的明代宗藩制度潜藏的祸患，在朱棣死后就甩给了他的后来者去承受他篡逆带来的恶果，而这一切都是朱元璋亲手培植种下的。